สำนักงาน ป.ป.ช. จัดอันดับมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย (มมร) เป็นมหาวิทยาลัยที่มีผลคะแนนคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานสูงสุดติด 5 ลำดับแรกของประเทศไทย จากมหาวิทยาลัย 83 แห่งทั่วประเทศ
โดยปีงบประมาณ 2562สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (สำนักงาน ป.ป.ช.) ได้จัดให้มีการประเมินคุณธรรม และความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ โดยมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยมีผลคะแนนคุณธรรม และความโปร่งใสในการดำเนินงานสูงถึงร้อยละ 92.20 ซึ่งอยู่ระดับสูงมาก และเป็นลำดับ 5 ของประเทศ จากจำนวน 83 หน่วยงานสถาบันการศึกษา นับเป็นการตอกย้ำถึงความเป็นมหาวิทยาลัยสงฆ์ระดับประเทศ ที่มีความโปร่งใสในการทำงานของมหาวิทยาลัยได้เป็นอย่างดี
การประเมินคุณธรรม และความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ (Integrity and Transparency Assessment ITA) จัดทำขึ้น เพื่อส่งเสริมด้านคุณธรรมและความโปร่งใสของหน่วยงานภาครัฐให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น เพื่อให้ทราบถึงระดับคุณธรรมและความโปร่งใสเพื่อนำไปสู่การปรับปรุงพัฒนาการดำเนินงาน ให้เป็นไปตามหลักธรรมาภิบาล ซึ่งจะส่งผลดีต่อประชาชนและประเทศชาติต่อไป